針對類似今年綠島油污生態浩劫，修法也加重新法並對造成污染的業者提高罰鍰與刑度。當海洋污染事件發生時，污染業者須限期提出污染清除計劃及擔保函，確保完成污染清除及賠償，若不出具或賠償，得限制其航行、船員也限制出境。未由銀行提出擔保函或依法清除污染者，罰鍰也從最高150萬提升到3000萬。
這次修正也設了所謂「綠島條款」與「德翔臺北條款」，新規定如果船舶違反第29條第1項，在海洋排泄廢污水、油、廢棄物，經主管機關要求兩次都未完成改善或清除者，負責人將面臨1年以上到7年徒刑，罰金更是可課到最高3億元。還有當年德翔臺北船難污染海灘，新規定也要求業者沒有采取防止、排除或減輕污染措施、處30萬以上6000萬元以下罰鍰。
至於在海洋惡意棄置甲類嚴重污染物，也加訂「最低刑罰門檻」，要處有期徒刑3年以上到10年以下，過去只規定可處10年以下刑罰，沒有下限。其他如棄置乙類、丙類廢棄物也一樣增設刑罰與罰金。